2.800’den fazla virüsün protein yapı tahminleri AlphaFold veritabanında yayımlandı

NVIDIA, Google DeepMind ve ortakları, 2.800’den fazla insanı enfekte eden virüse ait protein komplekslerinin 3D yapı tahminlerini AlphaFold’e ekledi; açık veri seti gelecekteki salgınlarda tanı ve tedavi geliştirme sürecini hızlandırmayı hedefliyor.

NVIDIA, Google DeepMind, EMBL-EBI ve diğer ortaklar, insanı enfekte eden 2.800’den fazla virüse ait protein komplekslerinin tahmini 3D yapılarını AlphaFold veritabanında erişime açtı. Bu adım, olası gelecek salgınlara karşı hazırlığı güçlendirmeyi hedefliyor.

Bu yeni veri seti, AlphaFold2 kullanılarak ve NVIDIA’nın BioNeMo Inference Runtime optimizasyonlarıyla üretildi. Bu sayede binlerce viral proteom üzerinde hesaplama ölçeklenerek geniş bir yapı tahmini taraması yapılabildi.

NVIDIA ayrıca GPU hızlandırmalı BioNeMo Structure Prediction Pipeline bileşenini de açık kaynak olarak yayımlıyor. Böylece araştırmacılar kendi protein dizilerinden yapı tahmini iş akışlarını kurup çalıştırabilecek.

Eklenen protein etkileşimlerinin yaklaşık yüzde 30’u, Protein Data Bank’teki mevcut yapılara kıyasla yapısal olarak yeni özellikler taşıyor. Bu da veritabanına daha önce görülmemiş çok sayıda protein kompleksinin eklendiği anlamına geliyor.

AlphaFold veritabanı genel olarak artık 260 milyonun üzerinde protein ve protein kompleks tahmini içeriyor ve neredeyse tüm kataloglanmış proteinleri kapsayacak düzeye ulaşmış durumda.

Açık veri seti; daha önce az çalışılmış virüsler de dahil olmak üzere tanı, tedavi ve aşı geliştirme çalışmalarını desteklemeyi ve kısıtlı imkânlara sahip ortamlardaki bilim insanlarının da bu kaynaklardan yararlanabilmesini amaçlıyor.